Narodil se 17. listopadu roku 1942 do dělnické rodiny v Queensu italským přistěhovalcům, jejichž původní jméno znělo Scozzese. Pocházeli ze Sicílie a pro americké imigrační úředníky bylo jejich příjemní špatně vyslovitelné, proto ho upravili. Malý Martin často stonal a nemohl běhat se svými kamarády. Trpěl šílenými záchvaty astmatu, a aby ho rodiče rozptýlili, tak mu dávali pár drobných, aby si mohl vyrazit do kina. Tichý chlapec také miloval pozorovat dění okolo, což ho nakonec bavilo víc než dětské hry.
Po absolvování střední školy se Martin rozhodl, že se stane knězem. Přihlásil se do semináře, kde vydržel pouhý rok. K tomuto období svého života se chtěl vrátit i ve své tvorbě a natočit snímek o mladém muži, který se stává knězem. Nakonec se to téma ukázalo být příliš citlivým a Scorsese zamýšlený snímek nikdy nenatočil. Zato své zásadní kolegy pak potkal na filmové škole na New York University's School of the Arts se seznámil s Harvey Keitelem a střihačkou Thelmou Schoonmaker.
S Robertem de Nirem, hvězdou Scorseseho filmu Zuřící býk, se seznámili ale přes prostřednictvím dalšího režiséra: Briana de Palmu. Měl se Scorsesem společný zájem o gangsterskou tematiku. Scorsese byl ale výjimečný v tom, že ve svých snímcích dokázal vystihnout atmosféru italských přistěhovalců, používal rychlý filmový střih, soundtrack, co tvořily rockové melodie a jeho hlavní hrdina byl vždy charismatický i zmítaný pochybnostmi.
Ačkoliv řada filmů Martina Scorseseho byly velmi vysoce oceňované, u veřejnosti snímek New York, New York, propadl. Režiséra to zdrtilo a v té době (na konci sedmdesátých let), propadl závislosti na kokainu i depresím. Nakonec skončil v nemocnici s vnitřním krvácením. Přesto se ale postavil na nohy, aby natočil snímek The List Waltz, dokument o posledním koncertu skupiny The Band.
Kdo s Martinem Scorsesem natáčel, má odtud spousta historek. Třeba, že pokud se filmovalo s Robertem de Nirem, museli všichni, kdo v tu chvíli neměli na place co dělat, odejít. Na klíně ale režisérovi spočíval jeho milovaný pes Zoe. Také spolupracovníci vzpomínali, jak měl Scorsese fobii z čísla 11, a proto musela tato číslovka z natáčení úplně zmizet. Dodnes ale nesmí nikdy vstoupit na tibetské území, tento trest dostal za natočení snímku Kundun, který pojednává o Dalajlamovi.
Podobně dramatický jako filmy byl i osobní život Martina Scorseseho. Ženatý byl totiž celkem pětkrát, jednou z jeho chotí byla i legendární Isabella Rossellini, ovšem vydrželi spolu pouhé tři roky. Nyní je režisér už dvaadvacet let ženatý s Helen Schermerhorn Morris.
